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Action inter-thèmes A & B "SIGMUND"
SIGnal-processing and Modeling methods to Undertake Neonatal care during Development
Organisateurs : P. Pladys (PUPH CHU de Rennes), A. Hernández (INSERM U642) et G. Carrault (Université de Rennes 1).
Cette action, réalisée dans le cadre des thèmes A et B, a pour objectif de fédérer des chercheurs en sciences de l’ingénieur et des chercheurs cliniciens autour des problèmes de santé du nouveau-né et des prématurés touchant le fonctionnement des systèmes cardiovasculaire et respiratoire, ainsi que leur système de contrôle. Suite au vif succès remporté par la journée, « Etudes des rythmes cardio-respiratoires au cours du développement par Traitement du Signal et Modélisation Intégrative », le 4/11/2009, et aux contacts établis par les différents laboratoires ou CHU représentés dans cette réunion, nous avons défini un ensemble de priorités de recherche dans le monitoring néonatal, qui peuvent être abordées sous l'angle de la modélisation physiologique et du traitement du signal. Ces thèmes constituent les trois axes principaux de cette action :
- La création de modèles intégrés de la physiopathologie néonatale, capables de représenter les principaux aspects de la maturation, afin de faciliter l'interprétation des processus de contrôle cardio-respiratoire et pour permettre de tester des hypothèses non accessibles cliniquement ou expérimentalement. Les modèles et compétences complémentaires des laboratoires et CIC impliqués dans l'action seront un atout dans ce sens.
- La comparaison et la mutualisation de méthodes de traitement du signal utilisées par chaque équipe et, en particulier, les méthodes de traitement du signal multivariées (c.f. description du thème B).
- La constitution de bases de données cardio-respiratoires et polysomnographiques mutualisables, ce qui nécessitera la définition, la description détaillée et la réalisation de protocoles cliniques dans les différents centres impliqués. Certaines bases de données déjà acquises par ces centres pourraient également être mutualisées pour initier les collaborations. Ces bases de données seront utilisées pour l'évaluation et la comparaison des modèles et des méthodes de traitement du signal proposés dans les axes 1 et 2. La construction de ces bases de données pourra être réalisée en collaboration avec le thème C.
Réunions de l'action:
Réunion 1 : "Constitution de protocoles communs d’acquisition, de traitement et de modélisation en vue de la création d’une base de données partagée". 18 mai 2011. Paris.
Cette première réunion de l’action SIGMUND concerne particulièrement les objectifs suivants :
- Mettre en œuvre une banque de données de tracés cardio-respiratoires et polysomnographiques partagée. On cherchera à :
- Définir les contraintes minima communes requises pour permettre l’utilisation des tracés recueillis afin de pouvoir permettre leur utilisation dans des applications génériques,
- Décrire des protocoles et comparer les méthodes de traitement du signal utilisées par chaque équipe dans des objectifs spécifiques et éventuellement mutualisables.
- Rendre accessible au clinicien l’appréciation des paramètres d’intérêt (méthodes d’expression des résultats d’analyse et sémantique). Ceci relevant d’un champ d’abstraction temporelle des données.
- Créer un groupe de contrôle sur la base de données pour exprimer les résultats relativement à cette référence.
Préprogramme :
Matin :
10h Introduction aux outils de gestion de BD biomédicales (J. Puentes, Telecom Brest).
Exemples de protocoles de recherche clinique et translationnelle en cours et présentation des méthodes de recueil et de traitement de données.
- P. Pladys (CHU de Rennes). PHRC Intem, Vaccination et rythme cardiorespiratoire. .
- A. Beuchée (CHU de Rennes). PHRC CARE-PREMI.
- G. Thiriez (. Polysomnographie et devenir du préma
- H. Patura (CHU de Saint Etienne) PHRC AUBE
- S. N’guyen (Projet ANR).
Après-midi
- Contraintes minimales communes pour le recueil (cas d’exemple CARE-PREMI).
- Bilan des recommandations existantes
- Identification des recommandations à produire.
- Analyse des contraintes techniques
- Présentation et mutualisation de méthodes de traitement de données et de modèles physiologiques
- Peut-on mutualiser ? Quoi et comment ?
- Comparaison et ou couplage de méthodes/modèles
- Type de traitement
- Propriété intellectuelle
Réunion 2 : "Définition du cahier des charges concernant le système de dépôt de données, le lancement d’un traitement sur un jeu de données et la visualisation des résultats.".
Dans ce cas d’utilisation commun, le médecin doit se connecter initialement au serveur grâce à un navigateur, pour créer un compte, ouvrir une session et télécharger une application d’interaction. Une fois installée, cette application prend en charge les données avec un minimum d’intervention de l’utilisateur, et communique avec serveur pour assurer le transfert sécurisé de données et leur intégration sous forme anonymisée dans la base de données, en fonction des renseignements protégés fournis par le médecin par l’intermédiaire d’un portail Web. Par la suite, les données sont transférées à des modules d’extraction et d’analyse. La détection automatique des complexes QRS sur l’ECG sera utilisée comme première application test. Finalement, le médecin reçoit une indication de disponibilité des résultats, permettant d’accéder à l’interface de visualisation des résultats de traitement.
Malgré l’existence de multiples applications internet capables de faciliter l’échange de données entre un serveur et un poste client, leurs caractéristiques sont loin de répondre aux besoins utilisateur du contexte d’application envisagé. D’où l’intérêt de concevoir un cahier des charges compatible avec les enjeux essentiels du GDR Sigmund.
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