THEME C : Signaux et image en Santé

Annonce

Les ontologies constituent un élément-clé vis à vis de l’émergence de solutions pour l’intégration de données. C’est notamment le cas des ontologies biomédicales, qui permettent l’annotation cohérente de données, avec des applications potentielles dans de nombreux domaines, dont la recherche translationnelle. La création de ces ontologies reste néanmoins un exercice difficile dans lequel le concepteur doit choisir entre la ré-utilisation d’ontologies existantes (généralement non cohérentes entr’elles), et le développement d’ontologies nouvelles (au prix d’un effort très important, sans garantie de véritable consensus).

Cette journée a pour but de confronter les expériences des chercheurs confrontés à cette problématique, et notamment de discuter de l’apport d’ontologies fondationnelles comme DOLCE (Descriptive Ontology for Linguistic and Cognitive Engineering) ou BFO (Basic Formal Ontology).

La journée sera organisée en trois parties : la première vise à exposer les besoins rencontrés dans différents domaines d’application, de façon à situer les discussions ultérieures dans des domaines concrets. La seconde vise à partager différentes expériences de la construction d’ontologies, s’appuyant ou non sur l’utilisation d’ontologies fondationnelles, de façon à mettre en lumière leur apport éventuel ainsi que les difficultés de leur mise en œuvre. Enfin, la troisième partie de la journée vise à discuter de ces différentes approches et de leur adéquation vis à vis des différents cadres applicatifs rencontrés.

Programme

9h30- 10h00 Accueil

10h15-10h45 Introduction, objectifs de la journée : Introduction
Bernard Gibaud, Unité/Projet Visages U746 INSERM, Rennes
Marie-Christine Jaulent, INSERM U872, EQ20, Paris

10h45- 11h30 Intégration de ressources en neuroimagerie (données et traitements) : le projet Neurolog Présentation
Gilles Kassel, LARIA, FRE 2733, Amiens
Bernard Gibaud, Unité/Projet Visages U746 INSERM, Rennes

11h30-11h45 Pause

11h45- 12h15 Le projet Kasimir, ontologies distribuées, conception d’ontologies collaboratives présentation
Amedeo Napoli, Equipe Orpailleur, LORIA, INRIA Nancy

12h15- 12h45 Construction d’ontologies à partir de textes Présentation
Jean Charlet, INSERM U872, EQ20, Paris

12h45-14h00 Déjeuner Buffet

14h10- 14h30 Intégration de ressources héterogènes pour la construction d'ontologie Présentation
Yannick Toussaint, Equipe Orpailleur, LORIA, INRIA Nancy

14h30- 15h00 Ontologies Fondationnelles pour la construction d'ontologies :
comparaison de DOLCE et BFO, et application en télécardiologie. Présentation
Lynda Temal,

15h00-15h15 Pause

15h15- 15h45 Intégration de données pour l’analyse du transcriptome Présentation
Gwenaëlle Marquet, GLAIZER

15h45-16h30 : Table Ronde :

Jean Charlet, U872 eq 20, Paris

Olivier Dameron, UPRES-EA3888, Rennes
Sylvie Despres, UMR CNRS 7030, Villetaneuse

Participants (30 prévus dont 16 inscrits) : (liste partielle)

BATRANCOURT Bénédicte
CAVARO-MENARD Christine, Equipe Signal-Image
CHARLET Jean, U872 eq 20, Ingénierie des connaissances en santé
DEVILLé Julie
DINH Ba-duy
GIBAUD Bernard
GRABAR Natalia, U 872 eq 20, Ingénierie des connaissances en santé
HAMON Thierry
HASSAN Sahar, Labo GRAphique, VIsion, Robotique
HUDELOT Celine, UMR 5141, Groupes Statistiques, Audio et Multimédia
LEVY Pierre
NAGEBA Ebrahim, ERM107: Méthodologies de Traitement de l'Information en Cardiologie
PAQUEL Norbert, U 872 eq 20, Ingénierie des connaissances en santé
RACOCEANU Daniel, UMR 2955, Medical Image Indexing and Retrieval for Assisted Diagnosis, medical research an
TEGUIAK Valery
VANDENBUSSCHE Pierre-yves, U 872 eq 20, Ingénierie des connaissances en santé